Shopify offre una piattaforma intuitiva per impostare e gestire i pagamenti. Quando un cliente effettua un acquisto, può pagare utilizzando vari metodi quali carte di credito, PayPal, Apple Pay, Google Pay e altri. Shopify integra il suo processore di pagamento, Shopify Payments, che semplifica per i commercianti ricevere pagamenti direttamente senza necessità di gateway di pagamento di terzi. Al momento dell’acquisto, i dati di pagamento del cliente vengono criptati e processati in modo sicuro. Le somme vengono successivamente depositate nel conto bancario del venditore dopo aver detratto le relative commissioni. I commercianti possono anche impostare le proprie politiche di rimborso e tasse, gestire frodi e controversie, e accedere a report dettagliati sulle transazioni.